De FUMO is een dienst van alle Friese gemeenten en de Provincie. De Provincie laat in verhouding veel werk door de FUMO uitvoeren. Gemeenten laten juist minder taken uitvoeren door de FUMO waardoor het uurtarief voor verleende diensten oploopt. Daarnaast is de Provincie de grootste aandeelhouder van FUMO en draait ook daardoor grotendeels op voor de toegenomen kosten.

Verbetering van de kwaliteit van de uitvoering van milieutaken was de belangrijkste reden voor de oprichting van de FUMO. Vooral kleinere gemeenten zouden onvoldoende kennisniveau hebben om die taak goed uit te voeren. "Het blijkt dat de animo van de deelnemende gemeenten voor de FUMO niet groot is", zegt Statenlid Wiebo de Vries van de ChristenUnie. "Het uurtarief van de FUMO is hoog. Daardoor worden zogenaamde ‘plus-taken’ soms uitbesteed aan een goedkoper bureau of gemeenten pakken het samen op. Wij denken dat het belangrijk is dat een onafhankelijke partij gaat kijken hoe de FUMO beter en efficiënter kan gaan werken. De Noordelijke Rekenkamer is daarvoor de aangewezen partij." Basistaken moeten gemeenten afnemen van de FUMO. Dat betreft voornamelijk de controle. Gemeenten klagen echter dat dit onvoldoende gebeurt.

Vroeger waren gemeenten en provincie ieder voor een deel verantwoordelijk voor de (milieu)vergunningverlening aan  bedrijven en de handhaving ervan. Gemeenten deden de eenvoudige bedrijven; complexe en grote vergunningen waren de verantwoordelijkheid van de provincie. Met de komst van de FUMO is alles naar deze dienst overgegaan. In eerste instantie goldt dit zelf voor de schapenboer met 50 schapen ergens in de provincie. Die taak is nu weer overgebracht naar gemeenten. Die kunnen dat goedkoper en efficienter.

Hoewel de Staten van Fryslân erkennen dat de FUMO tot nu toe nog niet de gewenste resultaten oplevert, gunnen ze de uitvoeringsdienst nog respijt. De ChristenUnie besloot daarom in de vergadering van 22 oktober een motie voor het instellen van een onderzoek door de Noordelijke Rekenkamer voorlopig aan te houden. "Misschien komt er een moment dat we motie opnieuw van stal moeten halen", zegt De Vries.